基于山东省国家知识产权保护中心“3结合、3拓展、2对接”的总体定位，中心设置了综合管理部、预审业务一部、预审业务二部、快速维权部以及运用服务部，共5个部门。

　　综合管理部，负责党建、人事、财务等内部管理工作。

　　预审业务一部，提供生物、化学、机械等海洋领域发明、实用新型、外观设计专利的快速预审服务；提供海洋领域专利复审和无效宣告请求的预审服务。

　　预审业务二部，提供通信、信息、计算机等新一代信息技术领域发明、实用新型、外观设计专利的快速预审服务；提供新一代信息技术领域专利复审和无效宣告请求的预审服务。

　　快速维权部，协助行政、司法部门查处假冒专利行为、调处知识产权侵权纠纷；开展知识产权维权援助服务；组织协调跨区域、多部门知识产权协同保护。

　　运用服务部，提供专利分析、导航运用、侵权风险预警服务；开展高价值专利挖掘、培育服务；负责信息化建设、宣传、培训等内部管理工作。对于保护中心的总体定位“3结合、3拓展、2对接”：

　　“3结合”，是与当地优势、特色产业相结合;与地方知识产权执法工作、保护体系建设相结合;与知识产权审查业务相结合。

　　“3拓展”，从外观设计到三种专利,进而到专利、商标、地理标志的多门类拓展;从快速审查到快速无效、快速复审、快速确权和快速维权的全链条拓展;从针对单类产品、单个行业到面向整个产业领域的全领域拓展。

　　“2对接”，与自贸区建设、扩大对外开放等国家重大战略对接;与知识产权重点项目、重点工程对接。